Il vaut mieux se connecter sous root, ou changer l'utilisateur en root, quand on installe les packages. Ainsi, vous êtes sûr que tous les fichiers appartiennent à l'utilisateur et au groupe root (et ne sont pas la possession d'un identifiant d'utilisateur non root), et que si un package désire des permissions particulières, cela peut se faire sans problème lié à un accès non root.
La documentation fournie avec Glibc, Gcc et les autres packages recommande de ne pas compiler les packages avec l'utilisateur root. Nous pensons qu'il est sage d'ignorer cette recommandation et de compiler quand même sous root. Des centaines de personnes utilisant LFS l'ont fait sans problème, et nous n'avons rencontré aucun bogue dans le processus de compilation qui puisse causer du tort. C'est donc suffisamment sûr (on ne peut jamais être sûr à 100%, c'est donc à vous au final qu'il appartient de décider).
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